Les ateliers sont organisés selon un format de 1h30 environ et auront lieu le jeudi après-midi. Vous pourrez donc participer à deux ateliers de votre choix parmi les 12 ateliers proposés. Le nombre de participants pouvant être limité, pourriez-vous indiquer les ateliers auxquels vous souhaiteriez participer en indiquant un ordre de préférence sur le formulaire d'inscription afin que nous puissions créer les groupes en tenant compte des préférences de chacun si nécessaire.
Atelier 1 : Utilisation des modalités de temps de vie de fluorescence en microscopie confocale et super résolution STED
Le temps de vie de fluorescence est une propriété intrinsèque à chaque fluorophore ou molécule/protéine fluorescente. Ces dernières années, la démocratisation des systèmes d’imagerie en temps de vie de fluorescence (FLIM) a conduit à des avancées significatives, tant dans l’amélioration de la qualité de l’imagerie confocale et super-résolution que dans l’analyse des comportements moléculaires au sein de systèmes biologiques fonctionnels. Dans cet atelier, nous explorerons comment le FLIM peut être utilisé pour améliorer l’imagerie en super-résolution STED et pour mesurer les interactions entre molécules par FRET.
Animatrice : Alice Vayssières (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB) ; Plateforme OV cytologie imagerie)
Atelier 2 : Initiez-vous à la microfluidique appliquées aux plantes !
Abordez l’observation en live d’échantillons vivants, en conditions contrôlées, à haute résolution (microscopie confocale) de quelques minutes à plusieurs heures. Vous manipulerez deux types de puces (PDMS et Ibidi®) et testerez deux systèmes de pressurisation (Fluigent® et pousse-seringue). Vous observerez, en temps réel, des signaux dynamiques (calcium, exocytose) dans le poil absorbant en croissance ainsi que des marqueurs de la division cellulaire dans la pointe racinaire d’Arabidopsis. »
Animatrices : Stéphanie Afonso et Bérengère Dalmais (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB))
Atelier 3 : Microscopie d’expansion sur méiocytes d’Arabidopsis thaliana
Les techniques de microscopie d’expansion visent à « gonfler » physiquement un échantillon biologique afin de visualiser des structures cellulaires à haute résolution. A partir d’un échantillon d’origine végétale, les participants observerons les différentes étapes d’un protocole de microscopie d’expansion : préparation des échantillons, gélation, expansion et observation au microscope confocal LEICA SP8. L’objectif de cet atelier sera de passer en revue les différentes étapes d’un protocole de microscopie d’expansion, en mettant l’accent sur les adaptations à apporter selon le type d’échantillon biologique.
Animatrice : Laurence Cromer (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB))
Atelier 4 : Approches ratiométriques utilisant un biocapteur de pH intracellulaire chez Arabidopsis thaliana
Dans cet atelier pratique, nous effectuerons des mesures ratiométriques du pH intracellulaire chez Arabidopsis thaliana. Les participants seront initiés aux techniques fondamentales de traitement des données d'imagerie brutes. Nous présenterons et discuterons également de scripts simples pour automatiser les calculs de routine, permettant une analyse efficace et reproductible de la dynamique du pH à l'intérieur des cellules végétales.
Animateurs : Samuel Laurent et Sivagamy Soundiramountty (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB))
Atelier 5 : Tutorial de la micro dissection laser (LMD) pour les études de la biologie végétale
Ce workshop présente un nouveau protocole de préparation de tissus végétaux optimisé pour la transcriptomique spatiale, incluant la LMD-RNA-seq et les technologies stRNA-seq de type Visium et Stereo-seq. Nous détaillons les étapes clés de la préparation, de la récolte à la fixation et la découpe, en passant par l’optimisation de la conservation de l’ARN. Ces approches permettent une résolution spatio-temporelle fine de l’expression génique, ouvrant la voie à l’étude précise des processus biologiques complexes dans les plantes.
Animateurs : Nero Borrega et Clément Pichot (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB)
Atelier 6 : Criblage haut débit au macroscope
Le criblage haut débit permet d’imager de manière reproductible une grande quantité d’échantillons. Dans cet atelier, nous utiliserons les fonctions HCS (High Content Screening) du logiciel ZEN pour effectuer le phénotypage de plantules et de graines sur différents supports (plaques multipuits, boites de Petri, etc…) en macroscopie fond clair et fluorescence. Nous aborderons comment définir le type de support, le nombre d’images par puits, le chemin (linéaire, en serpent, etc…) et le format à utiliser.
Animatrice : Aurélie Dewaele (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB) ; Plateforme OV cytologie imagerie)
Atelier 7 : Table ronde autour de la métrologie
Cet/cette atelier/table ronde sera l'occasion d’échanger ensemble autour des mesures, des protocoles, des outils et des actions mise en place au sein des structures des différents participants concernant la métrologie des équipements d'imagerie photonique garant de la reproductibilité et de la répétabilité des mesures.
Animateur : Damien Schapman (HeRacLeS US51 UAR2026 PRIMACEN, Co-coordinateur du RTmfm)
Atelier 8 : Table ronde autour de la microscopie électronique
A venir
Animatrices : Claire Boulogne (plateformes IMAGERIE-GIF, I2BC), Vlad Costache (Plate-forme MIMA2, INRAE Jouy-en-Josas) et Clarisse Uwizeye (Laboratoire Physiologie Cellulaire & Végétale, CEA Grenoble)
Atelier 9 : Introduction à l'utilisation de BIP, une boîte à outils d’analyse d’images pour le traitement par lots reproductible d’images biologiques
Cet atelier présente BIP, un logiciel open-source conçu pour le traitement reproductible par lots d’images biologiques multi-dimensionnelles. BIP se distingue par une syntaxe simple et lisible, adaptée aux pipelines complexes et à l’utilisation en ligne de commande. Il s’intègre facilement dans des environnements de calcul haute performance et complète l’écosystème existant. Les participant·e·s apprendront à installer BIP sous Windows ou Linux et à s’en servir efficacement. Ils découvriront ses fonctionnalités à travers des cas concrets de traitement et d’analyse d’images. L’atelier couvre la création de pipelines, l’intégration avec d’autres outils (Fiji, R, etc.) et l’accès à la documentation. Une connaissance de base en traitement d’images est requise, ainsi qu’un ordinateur avec ImageJ/Fiji (ou Napari). La connexion internet est recommandée, mais une installation préalable pourra être faite sur instruction.
Animateurs : Philippe Andrey et Sandrine Lefranc (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB))
Atelier 10 : Impression 3D/pépinière numérique
Dans cet atelier, au sein de la pépinière numérique du site de Versailles, nous discuterons des différents outils actuellement disponibles pour les plateformes/laboratoires de microscopie, autour de 3 grands axes : prototypage, retro ingénierie et représentation du vivant. La discussion se fera sur la base d’exemples concrets ou de souhaits/ idées des participants. L’objectif de l’atelier est de connaitre ce qui est possible de faire pour nos activités, d’en discuter avec d’autres agents et de constituer un petit réseau de personnes ayant ces affinités pour des échanges de modèles 3D de pièces ou prototypes, de technologies ou d’idées.
Animateur : Bertrand Dubreucq (Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal (IJPB) ; Plateforme OV cytologie imagerie)
Atelier 11 : MesoSPIM
Au cours de la dernière décennie, les avancées en microscopie à feuille de lumière et en méthodes de clarification des tissus ont révolutionné l'imagerie 3D des échantillons biologiques. Le projet mesoSPIM, une initiative open-source, propose un système d'imagerie puissant et économique, capable de visualiser des échantillons clarifiés de grande taille avec une résolution uniforme sur l’ensemble du champ d’observation. L'atelier présentera le fonctionnement du mesoSPIM. Ses performances et sa polyvalence seront discutées par l’acquisition d’échantillons clarifiés de plusieurs centimètres.
Animateurs : Maxence Frétaud / Christelle Langevin (Plateforme Emerg'in-IERP ; INRAE Jouy-en-Josas)
Atelier 12 : Gestion des données et analyse par deep learning
Dans le contexte des plans de gestion des données, de la production exponentielle des données de recherche, ainsi que des enjeux de souveraineté des données de recherche et de leur traitement par l'intelligence artificielle, nous proposons un atelier centré sur le logiciel open source OpenCID. Ce logiciel est capable de gérer des données omiques, d'imagerie photonique et électronique via une simple interface web. En parallèle de la sauvegarde et de l'archivage des données de recherche, OpenCID peut lancer des traitements de segmentation par deep learning, tels que CellPose, QuPath ou Ilastik.
Animateur : Pierre Bourdoncle (Plate-Forme IMAG'IC ; Institut Cochin)
